União Ibérica (1580-1640)
Com o desaparecimento de D.Sebastião e posteriormente a morte de D. Henrique I, Portugal ficou sob união pessoal com a Espanha, e foi governada pelos três reis Filipes (Filipe II, Filipe III e Filipe IV, dos quais se subtrai um número quando referentes a Portugal e ao Brasil). Isso virtualmente acabou com a linha divisória do meridiano das Tordesilhas e permitiu que o Brasil se expandisse para o oeste.
Várias expedições exploratórias do interior (chamado de "os sertões") foram organizadas, fosse sob ordens diretas da Coroa ("entradas") ou por caçadores de escravos paulistas ("bandeiras", donde o nome "bandeirantes"). Estas expedições duravam anos e tinham o objetivo principalmente de capturar índios como escravos e encontrar pedras preciosas e metais valiosos, como ouro e prata. Foram bandeirantes famosos, entre outros, Fernão Dias Paes Leme, Bartolomeu Bueno da Silva (Anhanguera), Raposo Tavares, Domingos Jorge Velho, Borba Gato e Antônio Azevedo.
A União Ibérica também colocou o Brasil em conflito com potências européias que eram amigas de Portugal mas inimigas da Espanha, como a Inglaterra e a Holanda. Esta última atacou e invadiu extensas faixas do litoral nordestino, fixando-se principalmente em Pernambuco e na Paraíba por vinte e cinco anos.
Das mudanças administrativas durante o domínio espanhol, a mais importante sucedeu em 1621, com a divisão da colônia em dois Estados independentes: o Estado do Brasil, que abrangia de Pernambuco à atual Santa Catarina, e o Estado do Maranhão, do atual Ceará à Amazônia. A razão se baseava no destacado papel assumido pelo Maranhão como ponto de apoio e de partida para a colonização do norte e nordeste. O Maranhão tinha por capital São Luís, e o Estado do Brasil sua capital em Salvador. Nestes dois estados, os súditos eram cidadãos portugueses (chamados de "portugueses do Brasil") e sujeitos aos mesmos direitos e deveres, e as mesmas leis as quais estavam submetidos os residentes em Portugal, entre elas, as Ordenações manuelinas e as Ordenações filipinas.
Quando o rei Filipe III (IV da Espanha) separou o Brasil e o Maranhão, passaram a existir três capitanias reais: Maranhão, Ceará e Grão-Pará, e seis capitanias hereditárias. Em 1737, com sua sede transferida para Belém, o Maranhão passou a ser chamado de Grão-Pará e Maranhão. Tal instalação era efeito do isolamento do extremo norte do Estado do Brasil, pois o regime de ventos impedia durante meses as comunicações entre São Luís e a Bahia. No século XVII, o Estado do Brasil se estendia do atual Pará até o Rio Grande do Norte e deste até Santa Catarina, e no século XVIII já estariam incorporados o Rio Grande de São Pedro, atual Rio Grande do Sul e as regiões mineiras e parte da Amazônia. O Estado do Maranhão foi extinto na época de Marquês de Pombal.
A economia da colônia, iniciada com o puro extrativismo de pau-brasil e o escambo entre os colonos e os índios, gradualmente passou à produção local, com os cultivos da cana-de-açúcar e do cacau. O engenho de açúcar (manufatura do ciclo de produção açucareiro) constituiu a peça principal do mercantilismo português, organizadas em grandes propriedades. Estas, como se chamou mais tarde, eram latifúndios, caracterizados por terras extensas, abundante mão-de-obra escrava, técnicas complexas e baixa produtividade.
