Amador Bueno é aclamado "Rei do Brasil" em 1641
O início da colonização portuguesa no território brasileiro foi a primeira invasão estrangeira da história do país, então denominado pelos nativos tupis como Pindorama, que significa "Terra das Palmeiras". A resposta imediata foi de longos embates, entre eles a Guerra dos Bárbaros. Houve ainda disputas com os franceses, que tentavam se implantar na América pela pirataria e pelo comércio do Pau-Brasil, chegando a criar uma guerra luso-francesa. Tudo isso culminou com a expulsão dos franceses trazidos por Nicolas Durand de Villegagnon, que haviam construído Forte Coligny no Rio de Janeiro, estabelecendo-se em definitivo a hegemonia portuguesa.
A época colonial foi marcada por vários conflitos, tanto entre portugueses e outros europeus, e europeus contra nativos, como entre os próprios colonos. O maior deles, sem dúvida, foi a Guerra contra os Holandeses (ou Guerras Holandesas, de 1630 a 1647, na Bahia, Sergipe, Alagoas, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará.
A insatisfação com a administração colonial provocou a Revolta de Amador Bueno em São Paulo e, no Maranhão, a Revolta de Beckman. Os colonos enchiam os navios que aportavam no Brasil, esvaziando o reino, e foram apelidados "emboabas" porque andavam calçados contra a maioria da população, que andava descalça. Contra eles se levantaram os paulistas, nas refregas do início do século XVIII que ficariam conhecidas como Guerra dos Emboabas e paulistas e ensanguentaram o rio que até hoje se chama Rio das Mortes.
Em Pernambuco, a disputa política e econômica entre mercadores e canavieiros, após a expulsão dos holandeses, levou à Guerra dos Mascates. Os escravos negros que fugiam das fazendas se refugiavam nas serras do agreste nordestino e lá fundavam quilombos, dos quais o mais importante foi o de Palmares, liderado por Ganga Zumba e seu sobrinho Zumbi. A campanha para destruí-lo foi a Guerra de Palmares (1693-1695).
No sul, a tentativa de escravizar indígenas levou a confrontos com os missionários jesuítas, organizados nas "reduções" (missões) de catequese com os guaranis. As Guerras Guaraníticas duraram, intermitentemente, de 1750 a 1757.
Já com o Ciclo do Ouro, a capitania de Minas Gerais sofreu a Revolta de Filipe dos Santos e a Inconfidência Mineira (1789), seguida pela Conjuração Baiana em Salvador dez anos mais tarde. Esses dois grandes movimentos ficaram marcados por terem a intenção de proclamar a independência.
